Die Ursprünge von Obernkirchen reichen weit zurück. Laut einer Mindener Chronik wurde das Kloster Obernkirchen von Ludwig dem Frommen (814-840), einem Sohn Karls des Großen, als älteste geistliche Niederlassung zwischen Weser und Leine gegründet. Damit liegt die Entstehung des Klosters in der Zeit der Karolinger, einer fränkischen Adelsfamilie, die Europa im frühen Mittelalter prägte. Das Kloster befand sich am Hang des Bückebergs und bot einen weiten Blick in die Norddeutsche Tiefebene.
Im Jahr 936 sollen Ungarn das Kloster überfallen und niedergebrannt haben, aber diese Information ist urkundlich nicht gesichert. Trotz der Zerstörung scheint das Kloster weiterhin eine Rolle gespielt zu haben, da es im Jahr 1167 durch das Stift Obernkirchen ersetzt wurde. Die Gründung des Stifts erfolgte auf Initiative von Bischof Werner von Minden, der das Augustiner-Chorfrauenstift an der Stelle des zerstörten Klosters errichten ließ.
Die Entstehung des Stifts Obernkirchen war von großer Bedeutung für die Region. Das Stift ermöglichte Frauen, in größerer Selbständigkeit zu leben, ohne klösterliche Gelübde abzulegen. Sie unterwarfen sich stattdessen den Augustiner-Regeln, die ein Leben in Gemeinschaft, Gebet und Arbeit vorsahen. Nach außen wurde das Stift durch einen Propst repräsentiert, der die Herrschaftsrechte über den Ort und Besitztümer in größerem Umkreis innehatte. Innerhalb der Gemeinschaft hatte eine Priorin die Führung, die von den Kanonissen gewählt wurde.
Die Gründung des Stifts brachte der Stadt Obernkirchen wirtschaftlichen Aufschwung, da sie im 12. Jahrhundert Marktrechte erhielt. Die Stiftskirche, die anfangs eine romanische Basilika war, entwickelte sich im 13. Jahrhundert zu einem bedeutenden Wallfahrtsort, als einer Marienstatue wundertätige Kräfte zugesprochen wurden. Nach einem verheerenden Brand im 14. Jahrhundert wurde die Kirche im gotischen Stil wiederaufgebaut und 1355 erneut geweiht.
Im 15. Jahrhundert schloss sich das Stift der Frömmigkeitsbewegung „devotio moderna“ an, die besonders im norddeutschen Raum verbreitet war. Diese Bewegung betonte die persönliche Frömmigkeit und das Streben nach einem frommen Leben. Unter der Priorin Helene von Bennigsen wurde die Anlage des Stifts im späten 15. und frühen 16. Jahrhundert aufgestockt und ausgebaut, was dem heutigen Erscheinungsbild entspricht.
Die Reformation im 16. Jahrhundert brachte große Veränderungen für das Stift Obernkirchen. Anfangs widersetzten sich die Stiftsdamen und der damalige Propst Kostgen der Einführung des neuen Glaubens. Erst nach dem Tod von Propst Kostgen im Jahr 1565 konnte Graf Otto IV. die Reformation im Stift durchsetzen. Die Propsteigüter wurden eingezogen, der Propst durch einen Amtsmann ersetzt, und das Stift wurde in ein evangelisches adeliges Damenstift umgewandelt.
Nach dem Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) fielen Stadt, Stift und Klosteramt der hessischen Landesherrschaft zu. Der Status des Stifts blieb jedoch unangetastet, und nun fanden auch hessische Adelige Aufnahme. Anfang des 19. Jahrhunderts, als Obernkirchen eine hessische Exklave im französischen Königreich Westfalen war, wurde das Stift 1810 von König Jérôme Bonaparte aufgelöst. Doch bereits 1814, nach der Rückkehr des Fürsten von Hessen, wurde das Stift mit allen Rechten wieder eingesetzt.
Im Laufe des 19. und 20. Jahrhunderts erlebte das Stift weitere Veränderungen, wie die Übernahme der Rechtsaufsicht durch die Klosterkammer Hannover 1946/49 oder die Anpassung der Aufnahmebedingungen für Stiftsdamen, die nun nicht mehr zwingend adlig sein mussten. Von 1901 bis 1970 war im Stift, insbesondere im leerstehenden Westflügel, eine Schule für ländliche Hauswirtschaft, später Landfrauenschule, des Reifensteiner Verbandes untergebracht.
Seit 1994 befindet sich im Westflügel des Stifts ein Tagungszentrum der „Geistlichen Gemeinde-Erneuerung in der evangelischen Kirche e.V.“. Seit 2010 beherbergt das Stift zudem einen „Frauenort“ zur Erinnerung an Agnes von Dincklage, eine bedeutende Schulleiterin der Frauenschule des Reifensteiner Verbandes.
Die Geschichte von Kloster und Stift Obernkirchen ist ein Spiegelbild der religiösen, kulturellen und politischen Entwicklungen im norddeutschen Raum. Die Entstehung des Klosters und seine Ablösung durch das Stift zeugen von einem tiefen religiösen und kulturellen Erbe, das bis heute in der Region präsent ist und das Stift Obernkirchen zu einem bedeutenden historischen und touristischen Anziehungspunkt macht.
