Die Inselschule auf Baltrum ist eine besondere Institution. Sie ist die einzige Schule auf der Insel und dient zugleich als Grund-, Haupt- und Realschule. Das Schulgebäude mit der Hausnummer 109 befindet sich im Westdorf der Insel. Im Jahr 2011 wurden rund 50 Schüler von sechs Lehrkräften unterrichtet. Die geringe Schülerzahl erfordert es, dass die Schüler in Doppelklassen zusammengelegt werden, um gemeinsam unterrichtet zu werden. In der Inselschule finden sich die Jahrgänge 1 bis 10.

Die Geschichte der Inselschule geht zurück bis in das Jahr 1870, als eine private Schule für die Inselkinder gegründet wurde. Es dauerte jedoch bis 1960, als eine staatliche Grundschule auf der Insel etabliert wurde. Die heutige Inselschule entstand in den 1970er Jahren durch die Zusammenlegung der Grund- und Hauptschule.

Neben dem regulären Unterricht finden auch verschiedene Projekte und Exkursionen statt, die den Schülern die Besonderheiten der Insel näherbringen. Auch die Zusammenarbeit mit anderen Schulen und Institutionen auf dem Festland wird gepflegt.

Eine besondere Begebenheit zur Inselschule ist, dass im Jahr 2015 ein Wettbewerb für den Neubau eines Schulkiosks stattfand. Schüler, Eltern und Lehrer beteiligten sich daran und gemeinsam wurde der Siegerentwurf ausgewählt und umgesetzt. Der Schulkiosk ist nun ein beliebter Treffpunkt für die Schüler und dient als Ort für kleine Snacks und Erfrischungen.